从深圳光明新区科学城、深圳轨道6号线支线、深圳轨道13号线成为不少市民的重点关注对象。推动城际交通建设，是加快发展粤港澳大湾区城市群和都市圈的有效手段。2020年7月，国家发改委批复的《粤港澳大湾区城际铁路建设规划》明确提出了打造“轨道上的大湾区”的规划目标，深圳轨道6号线支线、13号线等连入东莞城市轨道网络将引领东莞城市发展格局、重塑城市发展形态、提升城市品质、深度融入粤港澳大湾区都市圈。

深圳6号线支线一期起于6号线光明站，终至科学城东站，大中华幸福城，当前所有车站主体结构全部完工并通过验收，预计2022年建成通车。深圳6号线支线二期工程途经光明中心区、凤凰城片区终至光明城站。线路全长4.94km，采用高架+地下敷设方式。建成后将与13号线、18号线、莞深城际、广深港高铁、赣深高铁换乘，现轨道直达，南连香港、北接东莞，切实提升区域交往便利度，进一步深化深莞一体化发展。

深圳13号线向南经深圳高新区至深圳湾口岸，北至公明北站，并预留与东莞地铁5号线衔接，建成后将串联蛇口、后海、西丽、石岩、光明、公明等片区，成为深圳南北向骨干线兼顾市域快线，进一步满足和提升深圳市民文化、休闲及娱乐的高品质交通需求，位于光明区的13号线二期北延段已于2020年8月18日开工。

据悉，目前东莞已与深圳、广州初步明确了各6处城市轨道对接项目，其中包括了东莞5号线与深圳13号线对接。东莞还计划在“十四五”期间加快推动城市轨道规划建设，在与深圳地铁进行衔接方面，具体为东莞1号线与深圳6号线支线对接，东莞3号线支线与深圳11号线对接。东莞1号线、3号线均经过松山湖。